| A cor do pelo dos cavalos é determinada por uma combinação vários genes, sendo por isso possíveis imensos tons de pelagem.
São 3 genes principais: A, B e C
O gene A (aguti) restringe-se ao pigmento escuro (castanho ou preto), crinas, caudas e linha dorsal.
O gene B é dominante, determina a formação do pigmento preto. Embora sua totalização dependa do gene A, se houver, ficará restrito a cauda e a crina, na ausência, os pêlos são todos uniformemente coloridos (pretos ou castanhos). Apesar do gene B ser freqüente, são raros os animais totalmente pretos, devido a presença do gene A em seus ancestrais.
O gene C também é dominante e é a "chave" para a determinação da pelagem, que determina a capacidade de produzir pigmentos melânicos, sendo necessário em quaisquer que sejam, sem o gene C obterá a forma albina. Os cavalos brancos tem pele despigmentada mas os olhos castanhos ou azuis, sendo um albismo parcial, determinado por outro gene dominante (W).
O gene E é o mais importante do par recessivo (o E dominante é "mascarado" pelo gene A), restringe a distribuição do pigmento aos olhos e a pele das extremidades. Um outro efeito muito importante é que consiste não só numa restrição, como uma modificação da cor para o lado do amarelo ou do vermelho, sendo, o vermelho a cor mais comum em cavalos.
Exemplos:
Genótipos Fenótipo
A + B+ C castanho comum
A + B + ee castanho vermelho
a + B + E preto
a + B +ee preto enfumaçado
A + bb + E alazão com cauda e crina castanha
A + bb + ee alazão avermelhado com cauda e crina clara
A + bb +E alazão uniforme castanho
a + bb + ee alazão uniforme avermelhado claro
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